Имхо, вы мешаете мух с котлетами.
Бэкап пользовательских файлов - это таки бэкап, и только. Здесь он вообще ни при чем.
А установленные программы с их конфигами проще всего клонировать превентивно. То есть изначально устанавливать и настраивать их через систему, позволяющую повторить те же установки и настройки произвольное количество раз. Ansible, например.
А делая копирование методом "ногой в дверь", вы скорее добьетесь того, что диск не смонтируется из-за смены UUID, сеть не поднимется и т.п.