Все хорошо описано в 63-ФЗ :
- электронные документы, подписанные квалифицированной ЭП, имеют юридическую силу априори, если только обратное про этот тип документа не указано в каком-либо федеральном законе (например, нельзя вести в эл.виде многие кадровые документы и т.п.)
- электронные документы, подписанные неквалифицированной ЭП (в т.ч. Comodo), наоборот, приобретают юридическую силу только в том случае, если между Вами (отправителем) и адресатом (получателем) имеется подписанный ранее (вживую) договор (или иной акт), описывающий все тонкости проверки и признания/непризнания такой эл.подписи.
Соответственно, например, второй вариант с гос.органами не пройдет, т.к. такого договора между Вами и гос.органами нет, а по федеральным законам случаи применения неквалифицированной ЭП единичны.