его рекомендуют оборачивать тегом article
Тут нужно дать ссылку на эту рекомендацию, чтобы мы могли её оценить не на уровне "Рабинович по телефону напел".
его можно использовать в любом другом месте, а как использовать комментарий на другом сайте
Когда говорят об использовании "в любом месте", подразумевают "любое место данного сайта". И в рамках сайта комментарий действительно может быть оторван от условного рецепта: например, в профиле пользователя может выводиться список всех его комментариев (как здесь) или в сайдбаре может выводиться список всех последних комментариев (как на vc.ru).
На самом деле все эти семантические теги, введённые в HTML5, не оказывают абсолютно никакого влияния ни на что (за исключением небольшого количества функциональных тегов, которые упрощают доступность), так что вы можете не заморачиваться слишком сильно. Это не говоря про то, что семантика этих тегов жёстко привязана к конкретному сайту - то, что будет логично на одном, будет бредом на другом. Универсальных правил использования семантических тегов нет, есть рекомендации, которые вы вольны игнорировать.
если мы отрываем комментарий от статьи он ведь теряет весь смысл
На основе многих лет модерирования этого сайта могу вам сказать, что комментарий комментарию рознь. Некоторые жемчужины, наоборот, непонятно как оказались под каким-нибудь посредственным вопросом, и их можно хоть в Лувр вешать отдельно от всего.
TLDR: Не хотите - не оборачивайте, не случится ровным счётом ничего. Это всего лишь рекомендация и примеры в них для семантических тегов иногда притянуты за уши, потому что эти теги в большинстве своём не решали какие-то реальные проблемы, а были введены для красоты, которая у каждого своя.