smilingcheater

первый раз работаю с git

В первую очередь вам надо почитать учебник. Git это не та программа, с которой вы сходу можете начать работать. Он конечно простой, но вообще не интуитивно понятный.

выдает 10000 файлов в каталоге

Причина проста — вы инициализировали репозиторий находясь в корне вашего домашнего каталога. Нельзя так делать, если не хотите потерять свои файлы, бездумно вбивая команды типа stash.

Что мне делать

Удалить (или переименовать) подкаталог .git в котором хранится репозиторий. Затем создать его в правильном месте — в каталоге вашего проекта.

Let`s Encrypt , очевидно. Я вообще не понимаю, кому сейчас нужны покупные сертификаты, кроме банков и подобных структур, где наличие покупного сертификата вписано в регулятивные правила отрасли.

Вы сами процитировали причину:

Нельзя начать пересборку ветки (cannot rebase), пока есть незакоммиченные изменения в рабочем каталоге (You have unstaged changes).

Гит будет пересоздавать заново коммиты, а для этого нужен свободный рабочий каталог, в который распаковываются промежуточные состояния проекта.

Поэтому гит предлагает закоммитить или спрятать несохраненное (Please commit or stash them)

Команда git stash по факту тоже создает коммит, но он не привязан ни к какой ветке и рабочий каталог становится чистым. Затем вы делаете свои нехорошие дела и восстанавливаете stash обратно в рабочий каталог.

ну так глянь исходники, у тебя внутри не вектор, а растр в png формате

типа, антипаттерн...

но это все равно вызов метода в конструкторе, что не приветствуется.

Бред. Вот кем не приветствуется - вот он пускай и не приветствует и тихо миро плавает в своем болотце. Спокойно вызывайте приватный инициализатор в конструкторе - это как раз нормально. Конструктор - это и есть инициализатор объекта. Он даже называется "конструктор" - сборщик объекта. Его для этого и придумали. Выносить часть инициализации из инициализатора - на самом неделе не самая умная идея. А вот разбить инициализацию на разные логические части и разнести в разные методы - как раз таки очень даже хорошая практика. Декомпозиция, небольшие и простые функции/процедуры и все такое прочее.

Не очень понятно, что имеется в виду под "подключением", но будем считать что речь про добавление данных в БД. Это может присходить по трем причинам:
1. Код добавления вообще не вызывался.
2. При добавлении произошла ошибка.
3. Данные добавились в одну базу, а результат смотрим в другой.

Причем все три пункта проверить может только сам программист, никакой дядя с форума за него это не сделает.
Дядя с форума может помочь только со вторым пунктом. Рассказав, как отслеживать ошибки правильно. Например, добавив в код следующие строчки:

<?php
# Настройка ошибок
# Для локального сервера
ini_set('display_errors', 1);
# Всегда
error_reporting(E_ALL);
mysqli_report(MYSQLI_REPORT_ERROR | MYSQLI_REPORT_STRICT);

Добавив этот код, надо запустить свой скрипт еще раз и смотреть, ошибки, которые он выведет.

Плюс обязательно прочесть статью https://habr.com/ru/articles/662523/