На самом деле этот файл представляет из себя json, который и надо разбирать как json, не занимаясь разбиением на строки и прочей ерундой:
import json
json_text = '''{"total":20,"rows":[
{"id":123,"mark":null,"Status":2,"MessageNumber":123456789,"text":"Привет"},
{"id":1234,"mark":null,"Status":1,"MessageNumber":23456789,"text":"Пока"},
{"id":12345,"mark":null,"Status":2,"MessageNumber":345678, "text":"Ало"}]
}'''
data = json.loads(json_text)
numbers = [x["MessageNumber"] for x in data["rows"]]
print (numbers)
with open("output.txt", "w") as f:
print (", ".join(str(x) for x in numbers), file=f)
