Универсальный шифрованный канал для любых задач легко обеспечивается любым VPN с шифрованием. Можно openvpn/wireguard/ipsec или что ещё душе угодно. Как вариант, можно использовать stunnel для превращения нешифрованного tcp-соединения в шифрованное, это для некоторых задач может быть проще.
Для синхронизации удобно использовать rsync (поверх ssh, то есть он сразу шифрованный).
Готовые решения постоянной синхронизации: lsyncd (обёртка над rsync, синхронизирует в одну сторону; важно ни в коем-случае не запускать два экземпляра в обе стороны, так как риск синхронизации не в ту сторону крайне высок!),
https://github.com/stephenh/mirror (неплохо работает и умеет синхронизировать в обе стороны, но в моих экспериментах всё же случались синхронизации не в ту сторону, хоть и очень редко), syncthing (тоже умеет в обе стороны, не тестировал). Но в целом можно просто запускать rsync по планировщику.