echo "url=https://github.com" | git credential reject
cmd + shift + . и увидишь.
git filter-repo, и тогда вообще в истории не останется следов от ненужного файла. Но это получится фактически НОВЫЙ локальный репозиторий и его придётся удалить во всех внешних серверах и заливать заново.
git add .
git rebase -i HEAD^ и там склеивай.git push --all --force
Факт удаления тоже нужно закоммитить. Причём мусор в корне проекта, так не должно быть.
Также разберитесь почему у вас автоматически индексируются все изменения. Какие-то плагины поставлены?