Черрипик умеет резать коммит на части?
пятый комит взялся потому, что мне пришлось руками делать слияние в одном конфликтном файле и потом комитить
git pull --rebase тогда вместо слияния, ваша ветка просто пересадится на вершину внешней и лополнительных коммитов в истории не будет.
git checkout -- file или git reset -- file.
Зачем вообще такая сложная схема загрузки вам? Можно конечно вместо pull сделать две отдельные команды, чтобы ещё удлинить.
Но лучше clone, там есть опции частичного скачивания
И используйте git lfs, чтобы репозиторий не разрастался больше десятка мегабайт.