kmila, в большинстве случаев у поставщика сертификата есть инструкция по установке, со всеми цепочками сертификатов. Вы смотрели инструкцию поставщика?
А что, собственно, Вы делаете? Пока из вводных данных только "перешел на клаудфларе, потому что на поддомен нужен ssl сертификат" и "При переходе на поддомен - я вижу основную страницу."