Сергей

По сути без разницы убунта или минт ставить. Поставь одно, посмотри. Поставь другой посмотри. Тут уж лучше опираться на рабочий стол, который идет в комплекте, т.к. в основном точат его под нужную ось.
Мне например вообще нравится кубунта. нашей в ней ряд преимуществ и удобств, которых нет в других окружениях

$data = json_decode($out, true); - Вернет массив. Далее как с обычным массивом

Как же нету то? Если вы не понимаете что там говорят, то проблема явно не в курсах...
Вот например https://academy.1c-bitrix.ru/training/course/ можно сказать официальные курсы и вполне хорошие. Лично проходил

Окей гугл, открой мне первую ссылку

Вот вам ссылки, лепите
php.net/manual/ru/function.scandir.php
php.net/manual/ru/function.is-dir.php
php.net/manual/ru/control-structures.foreach.php

$directoryOnly = array_filter(scandir($directory), function($file) { return is_dir($file); })