apt-get- update происходит скачивание множества файлов. И хотя скорость загрузки файла может быть достаточно высокой, задержки между инициацией загрузки и собственно началом получения байтов в ответ могут быть всё ещё высокими, и если умножить их на количество загружаемых файлов - получается существенно медленнее.
