Для сайтов - нет смысла.
Докер для развертывания удобен в случае различных кастомных настроек, установки плагинов и так далее. А банальный nginx+php разворачивается на любой ОС очень быстро.
Мне также очень нравится то, что БД пишет данные в volume, который потом можно сжать и скопировать на другой сервер, а не охреневать когда надо перенести базу на сотни гигов.
Кто мешает выделить отдельный volume для базы данных без всяких докеров?
Это может быть какой угодно volume - раздел, виртуальный диск, рейд, что угодно.
Либо использовать Докер только в крупных проектах которые размещаются на отдельных VPS.
IMHO докер вообще для сайтов не лучшее решение. А самое крутое преимущество докер получает вместе с оркестрацией типа kubernetes/openshift, когда десятки и сотни приложений/микросервисов.