FAR manager или, на худой конец,
Total Commander.
В обоих есть функция сравнения папок.
Процесс выглядит примерно так:
1. выбираете на левой панели одну папку, на правой панели другую папку, запускаете сравнение;
2.
если обнаружены отличия, то заходите внутрь отличающихся папок слева и справа и повторяете сравнение и т.д., пока не увидите конкретные отличающиеся файлы или с одной стороны файл, а с другой стороны его отсутствие;
3. после всех ручных синхронизаций делаете контрольное сравнение.
Ещё можно использовать утилиты для автоматической синхронизации указанных папок - RSync, Robocopy, SyncThing и т.п. Но не предложил именно их в первую очередь из уважения к паранойе на тему утраты файлов (а то при неправильной настройке можно и не в ту сторону синхронизировать). Если вручную синхронизировать спокойнее, то FAR или TC, а когда вручную надоест, тогда уж можно автоматизировать.
