Следить за тем, чтобы очищались ресурсы (delete context, mysql_free_result и тд) и переменные. gc сделает своё дело. не делать циклических ссылок. в остальном пхп достаточно хорош и нет таких memory leaks как у JS. вот nodejs я бы категорически не советовал для долгих скриптов.