Если пароль пользователю не нужен (например, вы под ним только через su авторизуетесь, или только ключами по ssh, или только по крону) - то можно ему в /etc/shadow во втором поле поставить * вместо засоленного пароля (или перед ним поставить !) - тогда ispmanager будет его игнорировать.
