В MySQL одна таблица представляет собой на диске несколько файлов (2-3). Это влечет за собой некоторые проблемы. Например, ограниченное число дискрипторов открытых файлов с ОС, замедление файловой системы при поиске в директории, где очень много файлов. Если пользователей у вас не много, делать отдельные таблицы смысла нет. Если много, то вы упретесь в эти проблемы.