Лучше ставить две системы. Играть в виртуалке сомнительная идея, особенно в ресурсоемкие современные игры.

В MySQL одна таблица представляет собой на диске несколько файлов (2-3). Это влечет за собой некоторые проблемы. Например, ограниченное число дискрипторов открытых файлов с ОС, замедление файловой системы при поиске в директории, где очень много файлов. Если пользователей у вас не много, делать отдельные таблицы смысла нет. Если много, то вы упретесь в эти проблемы.

Никаких.

Если в игре нет сетевой игры, но хочется играть вдвоем, то есть два варианта
1) Игра в воображении. Каждый играет на своем PС против ИИ и воображает, что играет с другом.
2) Написать клон игры с поддержкой сетевой игры.