Если я ничего не путаю, дела обстоят так:
1) С пейпел заключается обычный агентский договор (в виде оферты)
2) Вы выставляете счета рублях и получаете деньги в рублях. Чем оплачивают покупатели — не ваша забота. Так что валютный контроль тут не нужен.
3) Вы учитывает средства поступившими при оплате их покупателем (т.е. по факту их поступления в пейпел) а не по факту прихода их на расчетный счет.