В последнее время развелось всяких "pip install ."...
всего имеет памяти 53GB, но в этом каталоге находится каталог на 945GB,либо это неправильный анализ символических ссылок (когда при подсчете файлов символическая ссылка считает размер повторно, особенно это актуально для рекурсивных ссылок) либо sparse files.
папка /home весит 6.3GB, но sda3 использует 10.1GB, где остальное?чем смотрел использование? при использовании консольной утилиты
du -s /каталог
будет верный размер (дополнительный ключ -m покажет размер в мегабайтах, а -h в автоматически выбираемых, для больших гигабайты и терабайты, для маленьких килобайты и мегабайты)
еще раз, если у тебя есть доступ к файлам в каталоге но нет доступа к конкретному файлу - то смотри права на этот конкретный файл
upd. посмотрел, настройка называется 'использовать мастер общего доступа (рекомендуется)', НАСТОЯТЕЛЬНО рекомендую это отключить