Новые строки добавляются или снизу или сверхувсе ясно, из-за этого способ хранения в файлах (добавление их в начало файла) убивают на корню все профиты от этого, так как файловая система имеет плохую атомарность (при добавлении в конец файла это не проблема), с высокой вероятностью у вас проблемы именно в момент внесения изменений в файлы одновременно с попытками чтения их.
извлечение происходит неудачно, то есть будто файл пустой с данными, но на самом деле данные там есть и по итогу происходит двойное "извлечение" данных, например было 100шт, извлечь надо было 4шт, оно извлечет 8шт, первые 4 будут утеряны.Очень путанное объяснение