1. разница в названии :) и в примененных системах упаковки файлов.
функционально они идетичны - набор файлов ПО + информация как этот набор применить в целевой системе.
2.
Форматы пакетов программ Linux
3. почитать документацию на дистрибутив - там все описано.
4. разница между репозиториями в управляющих им людях и сформированных ими правилах, которые формируют структуру и взаимосвязи в репозитории.
ну почему же ?? вполне можно скачать пакет, вручную распаковать его, распихать файлы по местам и также ручками допилить все требования ПО по библиотекам. с определенной усердием/вероятностью оне заработают.
репозиторий обычно имеет набор ПО потребности которых меж собой утрясены и работоспособность ПО в сумме репозитория проверена.