неправильная постановка задачи дает неправильное решение :)
используй
rclone copy source:path dest:path [flags]
для аккурат которого и писано
Copy the source to the destination.
Does not transfer files that are identical on source and destination, testing by size and modification time or MD5SUM.
Doesn't delete files from the destination. If you want to also delete files from destination, to make it match source, use the sync command instead.
в локальной папке делаешь бекапы и копируешь клоуном всю папку на удаленку - пересылаться будут только новые бекапы.
после копирования на удаленку локальный файл можно удалять (сразу или когда либо позже). на удаленке он уже не удалится.