общепринятых нормах поведения
Ха, ха и ещё раз ха. Общепринятые нормы? Стандартные пути? Это всё не про линукс.
Если вы пишите программу для линуксоидов, то она должна работать абсолютно нестандартно и неудобно максимально далеко от общепринятого user-friendly виндового подхода.
Отсутствует конфиг? Ну так пусть программа ищет его в /var/, потом в ~/.config/, затем в /user/conf, и ещё в переменных среды + можно задать значения флагами при запуске.
Не работает без конфига? Ну так пусть создаст и размажет по системе 10 разных конфигов, которые друг друга includят.
Проблемы с доступом? Пусть конфиги будут разными или дублироваться для каждого пользователя и для каждой версии.
Сложно запомнить? Лень писать документацию? Пусть пользователи записываются в mailing list, а цитаты оттуда можно вставить в максимально неудобном непонятном формате в man. --help, разумеется, должен показывать rtfm.
p.s.
Это не шутка. Реальные enterprise программы так и работают.