вариант2: программа запускается под другим пользователем, которому доступны права, не доступные для запускающего пользователя.
смотри биты
setuid setgid для исполняемого файла. такой исполняемый файл система запускает с uid/gid пользователя, прописанного в свойствах файла.
используется, к примеру, в sudo и многих других для того, чтобы sudo запускался с правами root в независимости от запускающего пользователя.
путь опасный, требующий большой продуманности ограничений функциональности проги, иначе будет дырень в защите...