Если поставить Linux или BSD несколько раз на диски. Поставить и удалить, и заново поставить, то будет же уже другая файловая система, и возможности вытащить файлы даже программами (старые, которые были под Windows) не будет?
mysqldump --skip-comments --skip-extended-insert -u user database1 > file1.txt
mysqldump --skip-comments --skip-extended-insert -u user database2 > file2.txt
diff file1.txt file2.txtcomm -12 <(sort --parallel=4 1.txt) <(sort --parallel=4 2.txt) > some_output_file.txt