Конкретнее, от файл-менеджера для Linux хотелось бы следующего:
- уметь сортировать файлы в панели не просто по алфавиту, а с распознаванием номера в конце имени файла. Пример на скриншоте. В левой панели та сортировка, которая требуется, в правой - та, которая будет, например, в Midnight Commander.

- уметь при копировании нескольких файлов записывать их в один, последовательно его дописывая (опция копирования Already existing files = Append в FAR).