объединить две файловые системы через aufs
mount -t aufs -o br:/mnt/%каталог1%/=rw:/mnt/%каталог2%=rw,sum aufs /mnt/%сборка%/
все содержимое %каталога1% и %каталога2% смерджится и отобразится в %сборке%
файлы с идентичными путями емнип отобразятся только из каталога1
при записи файл запишется в тот каталог в котором есть указанный путь и есть свободное место ( принцип выбора можно настроить)
читай ман aufs - функциональности много что требует внимательного изучения..