ага, для автозапуска необходим вход пользователя.
используй вместо автозапуска службы виндоус, они конечно кривоваты для использования, но зато запускаются вне зависимости от пользователя.
крививоватость использования исправляю через
Non-Sucking Service Manager есть еще какието поделки.
очередность можно сделать через зависимости, но виндовые зависмости сервисов не ковырял.
обязательно изучай линукс. в серверных делах без него никак.
со смартфона можно подключаться через кучу полноценных ssh-клиентов.
минус - смартфон не очень удобен для commad line. блютус клавиатура или планшет уже проще.
еще есть вариант прикрутить веб-интерфейсы, но тут готовых заготовок нет.