для операционки линукса антивирь не нужен, как таковой.
бинари и статичные файлы эффективнее проверить по хеш-подписям из репозитория (debsums и иже с ним) и оттуда же обновить.
то что микрософтеры промозговали систему репозиториев, это конечно глупость, ну да не первая в их стане... потому и появились сторонние системы.
конфиги не проверишь никак :) только бекап и еще раз бекап... ну и к примеру автоматический диф изменений с проверкой.
антивирь ставится для проверки транзитных файлов и соединений, а это от операционки не зависит никак.