Согласно приложенному фотороботу старой батареи, так - категорически нельзя:
... послед. соединить несколько банок 18650 и подключить всю сборку к плате?
Можно - параллельно. Предварительно - отобрав по минимальному разбросу ёмкости, если б/у. Ёмкости элементов - сложатся.
Контроль остатка ёмкости в банке, скорее всего, сделан в простейших "попугаях". Да и фиг с ним, как-нибудь приспособитесь.
Отличие ёмкости от штатной... ну если процентов 20, то не сильно критично. Если в разы - надо исследовать схему на предмет зарядного и разрядного тока и соотнесения их с ёмкостью нового аккумулятора.
Хорошим подспорьем в этом вопросе, может быть наличие терморезистора (капелька на 2 проводах) для контроля температуры аккумулятора. Возможно - зарядный ток аккумулятора меньшей ёмкости будет снижаться автоматически при перегреве.