Линуксоид

Довольно простая IDE - Geany. Она подходит для многих языков.

Один из вариантов написали выше - кодировать длину в отдельных битах. А можно ещё использовать префиксный код

Первый байт показывает какая это команда, или тип команды. Далее идет логика которая отрабатывает либо эту конкретную однобайтовую команду, либо осуществляет чтение следующих байт для конкретизации команды дальше. Т.о. как только процессору (с помощью дешифратора команд) становится понятно что за команда, он ей выполняет -- дает ток нужным элементам в нужном направлении.

процессор 8080 было восьмибитным.
То есть он за один такт обрабатывал одну команду из одного байта, затем уже можно было понять как обрабатывать два последующих байта.
Для таких вещей существует внутренний декодер.
Раньше был просто специальный регистр (OPCODE), в который помещался первый байт инструкции и процессор декодируя его обрабатывал следующие байты уже согласно этой инструкции

как процессор может отличить длину команды (1, 2, и 3 байт), чтобы выполнить следующую команду ?

По коду операции -- части команды, которая кодирует действие команды. В процессоре закодировано соответствие кода операции и длины команды. Код операции может полностью содержаться в первом байте команды (как в 8080), либо может быть распределён между несколькими байтами команды. В последнем случае часть кода операции находящаяся в первом байте должна отличаться от кода операции любой однобайтовой команды чтобы их можно было отличить.

Почему кроме команды Остановить все команды занимают 3 байта?

Если речь о 8080, то это утверждение неверно. В 8080 есть несколько однобайтовых команд (nop, битовые сдвиги и вращения, push/pop, и т.д.), несколько двухбайтовых (mvi и арифметика с непосредственными значениями -- adi, aci, и т.д.) и несколько трёхбайтовых (команды с прямой адресацией -- lda, sta, и т.д., переходы, вызовы подпрограмм и т.д.). Потому что значения, с которыми оперируют команды находятся в байтах следующих за первым -- в одном, если нужен 1-байтовый операнд и в двух если нужен 2-байтовый операнд или адрес.

Как происходить выборка команды? Как найти логическую схему выборки команды?

Можно посмотреть в исходники отреверсированного 8080.

чтобы использовать привычный синтаксис ассембрерного кода, используйте внутри asm блока команду ".intel_syntax;"

asm {
    ".intel_syntax;"
    "mov eax, 10;"
    "mov ebx, 20;"
    "add eax, ebx;"
    "mov edx, eax;"
    ".att_syntax;"
  };

Для использования переменных, используйте подстановки из ответа jcmvbkbc или макросы препроцессора.

3. Хочу разрешить доступ по SSH только пользователю alexey

Этого пользователя нужно добавить в группу ssh и ему должен быть разрешен логин на сервере и командный интерпретатор /bin/bash например.

Насколько такая практика приветствуется или лучше менять дефолтный файл ?

Обычно дефолтный копируют рядом в sshd_config.old и правят sshd_config по этому, по поводу

По идее сначала включается мой файл настроек, а потом идёт дефолтный

ничего не скажу, никогда так не делал.

4. Почему перегружать сервис ssh надо командой sudo systemctl restart ssh а не sudo systemctl restart sshd ?

Кто Вам сказал что нужно делать именно так?
systemctl status ssh
и
systemctl status sshd
говорят, что это одно и тоже. Т.е. без разницы какой командой Вы перезапустите сервис.

Заменить
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="splash quiet" на GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="" в /etc/default/grub
Затем сделать update-grub
При запуске системы будет выводиться лог. Увидишь, где именно подвисает, поскольку проблема вполне может быть на стороне железа.
Эти же данные можно и в логах просмотреть, но так проще.

P.S.: вот эти сервисы: NetworkManager-wait-online.service и systemd-networkd-wait-online.service в любом случае отключи, поскольку смысла в них нет.

Линукс это конструктор, какой вам нужен мануал как пользоваться конструктором ?
У вас есть детали и вам дали ман как они работают, а что вы хотите с этого собрать это уже ваша проблема.
Ваше решение стоит в сборках. ( веб морды для управления веб серверами)

Bitrix VM - отлично оптимизированно, ставится на любые виртуальные машины и чистый centos, в 1 нажатие.
Имеет удобную консольную админку, прес 1 прес2 там и letsencrypt и backup и тд и тп.
Vestacp - ставится так же одной командой, при инсталяции можно выбирать настройки.
braynicp - большая может много ставится в 1 клик, не очень удобынй интерфейс, но функционала вагон и тележка.
ispconfig3 - вот тут большие мануалы ;) вам понравится. Я пользуюсь ей просто кастомлю под себя.
чистый веб свервер и просто файлы для редактирования не совсем удобны, хотя и имеют место быть.