Линукс это конструктор, какой вам нужен мануал как пользоваться конструктором ?
У вас есть детали и вам дали ман как они работают, а что вы хотите с этого собрать это уже ваша проблема.
Ваше решение стоит в сборках. ( веб морды для управления веб серверами)
Bitrix VM - отлично оптимизированно, ставится на любые виртуальные машины и чистый centos, в 1 нажатие.
Имеет удобную консольную админку, прес 1 прес2 там и letsencrypt и backup и тд и тп.
Vestacp - ставится так же одной командой, при инсталяции можно выбирать настройки.
braynicp - большая может много ставится в 1 клик, не очень удобынй интерфейс, но функционала вагон и тележка.
ispconfig3 - вот тут большие мануалы ;) вам понравится. Я пользуюсь ей просто кастомлю под себя.
чистый веб свервер и просто файлы для редактирования не совсем удобны, хотя и имеют место быть.