Просто как минимум real time индексы не очень быстры и имеют определенные проблемы, и ваш случай не попадает в рекомендованный кейс использования realtime индексов. Я думаю вам проще будет на форуме сфинкса спросить об этой проблеме, там разрабы отвечают в течении суток всегда.
Ну сделайте профайлинг в xhproof, поставьте кеш для байт кода php, оптимизируйте mysql, посмотрите на потребление памяти и cpu на хосте.
Любое говноприложение в хреновых условиях покажет похожие результаты.
1)Из последних моделей самый дешевый i7
2)Почему с потолка? 4 плашки по 8 гигов, я меньше сейчас даже не беру, да скажем 12 гигов памяти мне не хватает чтобы с большим количеством вкладок серфить, что уж говорить про визуалстудию, память дешевая чего её жалеть.
3)Любой ссд умрет, стараюсь брать последние модели, выбираю только по размеру и наличию в магазе, всю его производительность я все равно при всем желании не смогу использовать(ну нет у меня процессов которые пишут или читают 600 мегабайт в секунду), у меня их уже не один десяток умерло, делайте бекапы и живите спокойно.
То что их много лет не производят, даже хабы с коаксиальным портом стоят огого.
В целом можно найти человека у кого в загашнике остались карточки pci с коксовым портом и попросить отдать.
Ну или ловить такие вещи на отдам все даром или досках объявлений
Насколько помню интернет по коксу никогда не был сильно стабильным и выдавал меньше 10 мегабит.
Ну заюзать очередь на том же gaerman или ещё чем нибудь будет не проще.
Задачи которые должны выполняться постоянно я просто запускаю раз в час или чаще с защитой от повторного запуска, там где хочется красивое решение юзаю внешнюю очередь.