Да, есть. Называется flock.
Использовать примерно так в кроне: 0 0 * * * root flock -n /tmp/somefile.lock "somecsript.sh"
Второй запуск команды flock -n /tmp/somefile.lock "somecsript.sh" уже не случится до тех пор, пока первый инстанс работает.
В somescript.sh, соответственно, пихаете всё то, что запускается у вас сейчас (chmod +x на скрипт не забудьте).