Относительная оценка сложности плюс статистика. Самый простой вариант: Мы сделали проект ХХХ за месяц, данный проект втрое сложнее, значит за три месяца управимся. (Данный способ применяю, когда о команда новая, и статистики нет)
В основном, оцениваем проект в идиальных рабочих часах, и зеная статистический коэфициент отношения идиальных часов к реальности — получаем довольно точную оценку проекта.
Однако, если у вас достаточно длительный проект, добавте ещё и статистику недоступности(заболел, проспал, плохое настроение) разработчиков (как правило, на 15 человек, 1 всегда недоступен). В идеале, ещё б и статистика по новым задача не помешала бы, если давно работаете с данным заказчиком, но это можно и другими методами решать.