Во первых нахрена вы выключили все кеши юторрента?
Опытным путем определено что надо их включить для увеличения скорости работы системы в целом и юторрента в том числе.
Выставьте объем кеша вручную, опытным путем было определено что самый лучший вариант то ли 200 толи 300 мб при большом количестве закачек.
Так же в настройках надо выставить выделять место под файлы сразу, а не по мере скачивания.
Так же лучше ограничить максимальное количество одновременных закачек, на популярных закачках это 6-10 штук, это позволяло выжрать 600 мегабитный канал в интернет.
Сильно помогает если система стоит на одном винчестере, а закачки идут на другой(именно винчестер, а не раздел).
Если совсем делать нечего то я ещё вешаю юторрент принудительно на отдельное ядро.