Foxit PDF Reader умеет искать в тексте PDFок в указанной директории (меню Tools — Search — All PDF documents in).
Ещё у них на сайте есть
PDF IFilter, который встраивается в Windows как поисковый плагин. В отличие от первого варианта, этот предварительно индексирует файлы, — по идее, искать должен быстрее. Десктопная версия бесплатна.