На харде есть два раздела, один первичный, другой соответственно логический.
Разделы( partition), бывают основными(первичными) и дополнительными(extended).
Но вот логическими они не бывают точно. Логическим может быть том, но не раздел.
Исходя из вышесказанного могу предположить что у вас есть два раздела - основной, и дополнительный.
Основной является активным - на нем находится загрузочная запись ОС.
Если вы его удалите - у вас исчезнет возможность загружаться с этого диска, ну и разумеется вся информация на нем содержащаяся.
Придется либо восстанавливать загрузочную запись (это реально, если есть опыт и умения) либо переустанавливать систему.