Про гражданскую авиацию не скажу, а вот это к примеру прошивка популярного полетного контроллера для авиамоделей -
https://github.com/ArduPilot/ardupilot/tree/master...
Вот еще прошивка для другого полетного контроллера -
https://github.com/cleanflight/cleanflight/tree/ma...
Думаю для авиамоделей можно подытожить - C / C++, возможно с ASM вставками (не искал).
UPD. Про гражданскую авиацию нашел интересную статью -
https://tjournal.ru/p/aircraft-software - "За работу того же «Боинга-787» в общей сложности отвечают более 14 миллионов строк кода... Одним из основных языков, на котором пишется код для гражданской авиации, является известный любому программисту C/С++. Второй важный для отрасли язык — разработанный ещё в конце 70-х годов Ada." Там же упоминается ОС реального времени QNX. Разумеется есть масса отдельных программ у отдельных узлов, так же как в квадракоптерах у каждого двигателя отдельный регулятор с отдельным чипом с программой.