Думаю проблема в дополнительных репозиториях. Можете просмотреть информацию о пакете с помощью: apt-cache madison mysql-server-8.0
В выхлопе команды можно увидеть список репозиториев, где доступен пакет. Повторите команду для проблемных пакетов и увидите, где проблема. Пакет в репозиториях Ubuntu 24.04 имеется.
Настройте рабочий стол на отображение иконок. Правой кнопкой по рабочему столу и в контекстном мену выбираете что-то вроде: Настроить Рабочий стол. В открывшемся окне на вкладках должны быть нужные настройки.
Думаю проблема в ссылках на новое и старое ядро. Система создает симлинки на последнее и предпоследнее ядро формата vmzlinuz, vmzlinuz.olg и initrd.img, initrd.img.old. Если правильно помню, то в корне раздела (иногда в /boot). И если обновление на предпоследнее ядро, то initrd.img и vmzlinuz будут ссылаться на последнее обновленное ядро. Это можно исправить вручную переименованием/пересозданием.
Так же можно удалить старые ядра. Просмотреть список установленных ядер можно так: dpkg -l|grep linux-
У меня Kubuntu 22.04 + репы от Neon. Была та же проблема, решил удалением файла (предварительно сделав бэкап): ~/.config/plasma-org.kde.plasma.desktop-appletsrc
Оставшегося после обновления с Kubuntu 20.04.