Ну, вообще-то, разница есть.
Стандартные пути открыты на запись только администратору. Поэтому, если программа установлена куда-нибудь в произвольную папку, вирус, запущенный от пользователя, ее сможет сожрать, а в Program Files - нет.
Правда, последнее время вирусы не слишком-то и атакуют программы, а самые "лакомые" из них - браузеры - все равно ставятся в пользовательские папки, чтобы постоянно обновляться...