Независимо от того, есть ли напряжение на плате, диод все равно надо выпаивать для проверки - иначе ток может найти путь "вокруг" диода, создав тем самым падение напряжения, которые вы и измеряете мультиметром. Если покажете схему, я даже найду вам проводимость чего именно вы измеряли на самом деле :)