Robocopy утилита встроенаяв Windows начиная с 7й версии.
Должно хватить только этого:
robocopy d:\ e:\ /E
Добавляем эту строчку в backup.bat, идем в панель управления ищем там "Планировщик заданий" либо "Расписание выполнения задач" (через форму поиска проще всего).
В планировщике добавляем задание на выполнение этого bat файла.
Предварительно я бы запустил на всякий случай вручную и на тестовых папка по аналогии с выше написанным, сделал бы папку test, ее скопировал бы командой robocopy с ключами, удалил в начальной папке тест, пару файлов, другие модифицировал и снова прогнал, что бы убедиться, что все работает как надо и подом добавить в планировщик.