Самый простой способ — это склонировать
https://github.com/bem/project-stub через git, удалить папку .git, установить node, зависимости (npm install), и начать работать над проектом.
Чуть сложнее в настройке, но тоже простой — использовать yo и bem-stub, для этого нужно установить ноду, эти два пакета: npm -g install yo generator-bem-stub; и далее в новой папке можно будет запустить yo bem-stub, поотвечать на вопросы, и проект сгенерируется.
Важно понимать, что bem server скоро начнет внутри использовать enb, так что можно уже сейчас на него переходить и использовать enb server.
А вообще, на такие вопросы очень быстро можно получить ответ на bem.info и форуме. ;-)