Как сгенерировать чистый бинарник, используя GCC?

Ну или киньте ссылочку, где посмотреть на исходники вашего бутлоадера, может увижу чего.

Как сгенерировать чистый бинарник, используя GCC?

Линкер не генерирует мусора, линкер его только собирает.
Я бы предложил внимательно рассмотреть objdump elf-файла выходящего из-под линковщика, либо карту линковки (надо добавить ключ -M

Как сгенерировать чистый бинарник, используя GCC?

Вот я именно это исделал последней командой. В моём примере байты хексдампа совпадают с байтами кода из обждампа.

Как сгенерировать чистый бинарник, используя GCC?

У меня получается вот что:

$ gcc -c -o test.o test.c
$ ld -e kmain -Ttext 0x7e00 test.o -o kernel.elf
$ ld -e kmain -Ttext 0x7e00 test.o --oformat=binary -o kernel.bin
$ hexdump -Cv kernel.bin
00000000  55 48 89 e5 b8 01 00 00  00 5d c3 00 00 00 00 00  |UH.......]......|
00000010  14 00 00 00 00 00 00 00  01 7a 52 00 01 78 10 01  |.........zR..x..|
00000020  1b 0c 07 08 90 01 00 00  1c 00 00 00 1c 00 00 00  |................|
00000030  d0 ff ff ff 0b 00 00 00  00 41 0e 10 86 02 43 0d  |.........A....C.|
00000040  06 46 0c 07 08 00 00 00                           |.F......|
00000048
$ objdump -xd kernel.elf 

kernel.elf:     file format elf64-x86-64
kernel.elf
architecture: i386:x86-64, flags 0x00000112:
EXEC_P, HAS_SYMS, D_PAGED
start address 0x0000000000007e00

Program Header:
    LOAD off    0x0000000000000000 vaddr 0x0000000000000000 paddr 0x0000000000000000 align 2**21
         filesz 0x0000000000007e48 memsz 0x0000000000007e48 flags r-x
   STACK off    0x0000000000000000 vaddr 0x0000000000000000 paddr 0x0000000000000000 align 2**3
         filesz 0x0000000000000000 memsz 0x0000000000000000 flags rw-

Sections:
Idx Name          Size      VMA               LMA               File off  Algn
  0 .text         0000000b  0000000000007e00  0000000000007e00  00007e00  2**2
                  CONTENTS, ALLOC, LOAD, READONLY, CODE
  1 .eh_frame     00000038  0000000000007e10  0000000000007e10  00007e10  2**3
                  CONTENTS, ALLOC, LOAD, READONLY, DATA
  2 .comment      0000002c  0000000000000000  0000000000000000  00007e48  2**0
                  CONTENTS, READONLY
SYMBOL TABLE:
0000000000007e00 l    d  .text  0000000000000000 .text
0000000000007e10 l    d  .eh_frame      0000000000000000 .eh_frame
0000000000000000 l    d  .comment       0000000000000000 .comment
0000000000000000 l    df *ABS*  0000000000000000 test.c
0000000000208000 g       *ABS*  0000000000000000 __bss_start
0000000000208000 g       *ABS*  0000000000000000 _edata
0000000000208000 g       *ABS*  0000000000000000 _end
0000000000007e00 g     F .text  000000000000000b kmain



Disassembly of section .text:

0000000000007e00 <kmain>:
    7e00:       55                      push   %rbp
    7e01:       48 89 e5                mov    %rsp,%rbp
    7e04:       b8 01 00 00 00          mov    $0x1,%eax
    7e09:       5d                      pop    %rbp
    7e0a:       c3                      retq   
$ objcopy -O binary -j .text kernel.elf kernel-copy.bin
$ hexdump -Cv kernel-copy.bin
00000000  55 48 89 e5 b8 01 00 00  00 5d c3                 |UH.......].|
0000000b

Как сгенерировать чистый бинарник, используя GCC?

Ну или наоборот, если вам точно известно какие секции должны попасть в бинарник, то их надо добавить в -j:

objcopy -O binary -j .text kernel.elf kernel.bin

Создание виртуального интерфейса

Из консоли добавить сетевому интерфейсу (пусть это будет eth0) новую подсеть можно так:
ifconfig eth0 add 192.168.1.1

Чтобы поднималось при запуске — нужно сделать копию правила для исходного интерфейса (пусть это будет eth0) с именем, к которому добавлено :0 (eth0:0), :1,… и нужным IP/маской/…

Виртуальная память в Linux?

Правильно ли я понимаю, что для разделения отображения внутри одного процесса, требования точно такие же?

— да.

Курсы по драйверам/безопасности Linux

Почему-то я сомневаюсь, что люди с практическим опытом разработки ядра занимаются преподаванием.
С другой стороны, в занятиях в форме семинара я бы тоже поучаствовал.

Курсы по драйверам/безопасности Linux

«Программирование под linux» и «программирование linux» отличаются примерно как «государь» и «милостивый государь».

Как правильно загружать своё ядро?

Да не «вроде», а точно. Multiboot стартует в защищённом режиме с выключенным пейджингом.

Как совместить 2 карты в разных проекциях? (свежие картинки от NASA)?

Лишняя двойка во второй формуле: y = height / 2 — height / pi * lat

Кодировка FAT12/FAT16/FAT32, созданных через mkdosfs?

Занятно.
Ну да ладно, важно чтобы iocharset совпадал с кодировкой юзерспейса из которого создаются файлы.

Кодировка FAT12/FAT16/FAT32, созданных через mkdosfs?

Этих данных недостаточно, покажите вывод команды mount после монтирования этого образа.
У меня выводится

/home/jcmvbkbc/tmp/zzz/fat12.img on /home/jcmvbkbc/tmp/zzz/t type vfat (rw,relatime,uid=500,gid=500,fmask=0022,dmask=0022,codepage=cp437,iocharset=ascii,shortname=mixed,errors=remount-ro)

и очевидным образом iocharset неправильный. Правильный я подобрать с ходу не смог.
Альтернативно попробуйте примонтировать свой образ с -o iocharset=utf8 и создать на нём файл из терминала с локалью в UTF8.

Кодировка FAT12/FAT16/FAT32, созданных через mkdosfs?

А пришлите ссылочку на свой образок для сравнения, с опциями монтирования которые были использованы?

Git: объясните «на пальцах» разницу между rebase и cherry-pick?

Ещё одно отличие: патчи присутствующие в апстрим-бранче (достаточно совпадения содержимого, описание коммита может отличаться) будут выкинуты из перебазированной ветки. Т.е. если в ветке topic есть патчи принятые в master, то после git rebase master topic эти патчи из хвоста master...topic исчезнут. Если же сделать cherry-pick пачки коммитов в ветку, содержащую копии некоторых из них, cherry-pick будет плеваться примерно так:

nothing to commit (working directory clean)
The previous cherry-pick is now empty, possibly due to conflict resolution.
If you wish to commit it anyway, use:

git commit --allow-empty

Otherwise, please use 'git reset'

Как выделить зарезервированную оперативную память под SSH и/или консоль?

приходит ООМ и стреляет себе в ногу уничтожая процесс init

Отличная история. Есть, правда, одно «но»: oom killer никогда не убивает глобальный init. См., например, lxr.free-electrons.com/source/mm/oom_kill.c#L155

Git: объясните «на пальцах» разницу между rebase и cherry-pick?

А по-моему действие абсолютно одинаковое.
Вы никогда не пробовали в список который выкидывает git rebase -i дописать pick для произвольных коммитов?

Однако небольшая разница есть именно в пакетной обработке: при конфликте git rebase можно продолжить опцией --continue или откатить --abort. cherry-pick вроде такой возможности не имеет.

Можно ли создать архив tar в котором бы сохранились даты создания-изменения файла?

И можно посмотреть даты архивированных файлов, например tar -tvzf archive.tar.gz

Можно ли сделать двойную виртуализацию в маке?

Никто не мешает команды относящиеся к виртуализации симулировать.
Вот kvm, например, поддерживает вложенную виртуализацию.

Echo $переменная >> /var/log/file.log из скрипта в CRON не отображается в file.log?

Допустим. В линуксе допустимо произвольное количество пробелов и табов между #! и именем интерпретатора, а так же в конце строки. Код можно посмотреть здесь: lxr.free-electrons.com/source/fs/binfmt_script.c#L49