Зависит от задач.
По цене первый вариант ( с 2мя цпу в одной коробке ), конечно же дешевле при прочих равных.
По надежности - so-so, в коробках обычно по 2-3 БП, 1 проц тоже может вылететь, сетевух 2 обычно, память с ECC может вылетать... Впрочем, если мать сгорит - то всё, а вот на двух серверах у вас один останется точно =)
По производительности - целиком и полностью от задач. Можно написать приложение так, что оно сможет эффективно работать на двух машинах, а можно не написать =)
Например, раздача статики с двух серверов будет сильно быстрее (и её легко раздавать с двух серверов). А вот схема сервер приложений на одной железке + бд на второй будет медленнее одного сервера, если один сервер не упрется в IO.
