"Как понимаю по цене 1й вариант выигрывает.
А по производительности ? 2й?"
Скорее всего по цене 1-й, по производительности зависит от Вашего приложения, но, скорее всего, 1-й.
"Лучше посоветуйте нормальный сервер, до 55000р." - посмотрите в сторону supermicro, сконфигурируйте.
"Чем лучше готовые вариант, чем собранный вручную?" - тем, что все компоненты правильно подобраны и гарантия на устройство "целиком", не надо конфигурировать по HCL (не вся комплектуха есть).
"Если самому собирать, то можно сэкономить от 10к р или получить мощнее." - можно, но есть и обратные примеры, когда люди теряли деньги и даже работу.
Парочку готовых вариантов -
3nity.ru/viewforum.php?f=1&sid=d94e1860402c37a54a5...
Совет для Вас - купите готовый или закажите сборку у "интегратора".