что запросы будут конфликтовать друг с другом?
Конечно получится. Race-condition получить запросто, потому что крон - простейшая и тупейшая программа. Все, что она умеет - разобрать строку, где указывается частота запуска и запустить процесс. А работа запущенного процесса - это не его проблема. Навесить очередь из сотни скриптов или развалить к хренам БД - как здрассьте.
Вам лучше не насиловать крон, а демона написать, который сам будет проверять наличие задания для него и сам делать все блокировки.