Меня может затроллят, но все же скажу свой способ установки сертификата.
В разделе SSL/TLS выбираете для начала ссылку: Install and Manage SSL for your site (HTTPS)
Нажимаете: Manage SSL sites.
Выбираете домен, на который установить нужно установить сертификат.
Копируете во все поля необходимые данные и жмете Install certificate
Установленный сертификат сам зальется куда надо
уже на десяток сайтов так установил сертификаты, пока никаких проблем нет.
Дополнительно ютуб видео по установке на примере бесплатного сертификата. По установке SSL в cpanel
https://www.youtube.com/watch?v=C8rGaGRNdaQ
По сути вопроса смотреть с 1-22