ограничения редактирования CMS, т.е. если мы захотим что-то дописать - это будут костыли,
Вовсе нет.
CMS - это не всегда закрытый ящик. Если взять к примеру joomla, wordpress, modx (из тех что я знаю) — то они достаточно гибко дописываются. Тут вопрос в том, насколько хорошо разраб знает эту систему. Если хорошо, то он напишет расширенный функционал не "на костылях". С другой стороны, даже если говорить о фреймворке и о разработчике, который плохо его знает, то он и там будет писать костыли, только потому, что не в курсе имеющихся средств и инструментов из комплекта поставки или популярных пакетов.
Резюмируя — количество костылей обратно пропорционально квалификации программиста, вне зависимости от используемого инструмента.
CMS или Framework зависимость от разработчиков будет меньше?
Зависимость тем меньше, чем популярнее выбранное решение. Найти разработчика на условный вордпресс проще, чем на неизвестную AweCMS.
Есть ли удобный способ для заказчика проверить качество кода, который пишет разработчик?
Тут я не претендую на истину, но мне кажется единственный способ проверки, не имея собственной квалификации — нанять аудитора. Но тут возникнет вопрос компетентности аудитора =)