freeExec

Там есть модуль который кеширует запросы из интернета и складывает их в sqlite базу. Вот вам нужно допилить его чтобы он брал данные напрямую из вашего mbtiles. Соответственно вы сами их будет готовить и сможете положить туда любую нужную вам геометрию.
Ну а по бизнес модели Мапбокса, вы к ним на сервера заливаете ваши "области" в удобных форматах, а они их вам отдают уже в векторных тайлах, за это вы естественно платите.

www.admkrsk.ru/opendata/2451000840-companies

Это же самый первый пример который вы должны были найти, с ymaps.ready

ymaps.ready(function(){
                var myMap = new ymaps.Map("map", {
                        center:[55.76, 37.64], // Москва
                        zoom:2
                    });
             });

Вы или сами на каждый город рисуете полигон и проверяете попал маркер в него или нет. Либо через геокодинг определяете в город ткнули или нет. Если пользователь должен таскать маркер, то с геокодером у вас быстро иссякнут лимиты.

Берёте модельку, дополнительная камера её рендерит в текстуру, эту текстуру показываете в UI через RawImage. Не стоит делать слишком большую текстуру - это приведёт к тормозам.

for (var i = 0; i < markers.length; i++) {
      google.maps.event.clearListeners(markers[i], 'dblclick');
});

Специально для это есть SQLite - это и БД и база одни файлом в любом удобном месте. Работает даже на мобильных.

А вы знаете что такое "отладка приложения"? Если бы знали, вы без проблем выяснили что Camera.main содержит NULL. И вопрос звучал бы "как пометить камеру главной".
А всего-то нужно выбрать у камеры тег "MainCamera"

Его создал Unity при размещении на сцену и заполнил сериализованные поля.

Потому, что это бесcмысленно, файл проекта перезаписывает Unity при новой компиляции. Положите сборку в папку Assets/Plugins и Unity её сам добавит.

то текстура будет для всех мешей с такими установленными цифрами

Будет на всех объектах с данным материалом. Если вам нужно чтобы было индивидуально - клонируйте материал для каждого, но это дополнительный DrawCall, поэтому если у вас их тысячи - вы проиграете.

https://tech.yandex.ru/maps/jsbox/2.1/clusterer_create